Exista cinci tipuri de baza in care natura chakrei poate fi transformata. Aceste cinci tipuri sunt de asemenea numite elemente si au la origine nu doar numele celor cinci mari natiuni dar si bazele ninjutsu-ului. Cele cinci naturi sunt conectate intr-un cerc, fiecare fiind mai puternica decat una dar si mai slaba decat alta.
Aceste elemente sunt folosite la ninjutsu-ul elemental:

Foc - puternic contra Vant, slab contra Apa.
Apa - puternic contra Foc, slab contra Pamant
Pamant - puternic contra Apa, slab contra Fulger
Vant - puternic contra Fulger, slab contra Foc
Fulger - puternic contra Pamant, slab contra Vant
Daca un jutsu elemental este pus la lupta cu un altul de acelasi nivel, dar de o natura mai puternica, atunci jutsu-ul cu natura superioara va invinge. Desi, un jutsu cu o natura slaba poate depasi ca putere un jutsu cu o natura puternica daca primul este de un nivel mai inalt.


Pe langa cele cinci tipuri de baza, exista mai multe tipuri avansate. Folosind doua tipuri de baza simultan, se poate crea o natura complet noua cu proprietati unice. Pentru a poseda un jutsu de o natura avansata, sunt necesare cinci jutsu-uri de fiecare tip de baza.
Acestea sunt cele opt elemente cunoscute:

Fierbere (Foc + Apa)
Lava (Foc + Pamant)
Lumina (Foc + Fulger)
Lemn (Apa + Pamant)
Gheata (Apa + Vant)
Furtuna (Apa + Fulger)
Praf (Pamant + Vant)
Cristal (Pamant + Fulger)
Sunt doua combinatii necunoscute de elemente:
Foc + Vant
Vant + Fulger
De asemenea, mai exista alte elemente speciale care nu sunt combinatii de elemente dar nici tipuri de baza. Ele apar de obicei in unele Kekkei Genkai-uri. Acestea sunt:
Intuneric
Otel
Curent
Nisip
Magnet
Abur
Bule